Arheološka iskopavanja na Crvenoj Stijeni su prvi put obavljena od 1954. do 1964. godine. Tadašnji arheolozi su željeli da saznaju starost lokaliteta i šta se na njemu nalazi. Zbog toga su vrlo brzo iskopali veliku, duboku rupu u najbogatijem delu lokaliteta, koji je bio prema zadnjem zidu potkapine. Oni su dokumentovali geološku formaciju različitih stratigrafskih slojeva. Pratili su tipologiju kamenih artefakata u svakom sloju, što im je davalo informacije o kulturi i vremenskom periodu različitih naseljavanja. Takođe su rekonstruisali paleookruženje kroz analizu životinjskih vrsta predstavljenih iskasapljenim životinjskim kostima pronađenim u svakom sloju i polenu. Međutim, oni nažalost nijesu sačuvali sve artefakte, tako da je naše razumjevanje lokaliteta nepotpuno.

2004. godine započelo je savremeno, naučno iskopavanje, koje je dalo važne informacije o hronologiji lokaliteta, artefaktima, rasponu životinja koje su se lovile i jele i njegovoj geološkoj istoriji formiranja. Ovi rezultati su objavljeni u knjizi dostupnoj ovdje kao pdf.

2017. godine uspostavljena je saradnja Narodnog muzeja Crne Gore i Univerziteta Minesota. Svake godine od tada (osim 2020.), ovaj tim je vršio iskopavanja na lokalitetu na vrhuncu nauke.

Iskopavanje zahtjeva strpljivo struganje sedimenta, specijalnim alatima i četkama kako se ne bi oštetile delikatne životinjske kosti i kameno oruđe

Studenti univerziteta tokom terenske sezone 2021.; došli su iz Crne Gore, Srbije i Sjedinjenih Američkih Država da nauče tehnike arheoloških iskopavanja.

Iskopavanje zahtjeva pažljivo čišćenje arheoloških profila radi praćenja stratigrafije.

U laboratoriji, isprani sediment se pažljivo ispituje, a svi artefakti i kosti se uklanjaju i čuvaju.